Classificam-se para as oitavas-de-final os dois primeiros colocados de cada grupo. Um novo sistema de desempate será implantado na competição. Caso haja igualdade de pontos, os critérios de desempate serão os seguintes:
4º Sorteio
Para as oitavas-de-final, ficou estabelecido um novo ordenamento das chaves. O time de melhor campanha entre os primeiros colocados enfrentará o de pior retrospecto entre os que ficaram na segunda posição em seus grupos. O segundo jogará contra o sétimo e assim sucessivamente.
Desde as oitavas-de-final até a semifinal, os gols fora de casa definiram o classificado, caso haja igualdade em pontos e saldo de gols. A disputa por pênaltis é a última forma de desempate.
Na decisão, se, ao final das duas partidas, as equipes empatarem em pontos e saldo de gols será disputada uma prorrogação de 30 minutos. Caso a igualdade persista, o campeão será conhecido nos pênaltis.
O novo sistema de disputa estabelece diversas modificações no regulamento. A equipe que conquistar o título estará classificada para a Recopa 2007 contra o ganhador da Copa Sul-Americana.
