Primeira Fase - Participam da primeira fase dezoito equipes divididas em três chaves, onde jogam entre si em turno e returno.

Chave 1
. Internacional
. 15 de Novembro
. Caxias
. Gaúcho
. Ulbra
. Passo Fundo

Chave 2
. Grêmio
. Veranópolis
. Esportivo
. Santa Cruz
. São Luiz
. Farroupilha

Chave 3
. São José
. Glória
. Brasil
. São José-POA
. Juventude
. Novo Hamburgo

Segunda Fase (Fase Final) - Classificam-se para as semifinais da competição os dois primeiros colocados de cada chave da primeira fase, além dos dois terceiros com melhor índice técnico. Estas oito equipes serão distribuídas nas chaves 4 e 5 através de sorteio, e jogarão entre si, novamente em dois turnos. Os campeões de cada chave fazem a final, em jogos de ida e volta.

Paralelamente à segunda fase do Gauchão 2006 será disputada a Copa Emídio Perondi 2006, com a participação dos 10 times que não passaram à segunda fase do Gauchão. Esses 10 times serão divididos em 2 chaves de 5 equipes cada. Os dois primeiros colocados fazem a final da copa em dois jogos de ida e volta. Os últimos colocados de cada chave serão rebaixados à Série B do Gauchão em 2007. O Campeão do Gauchão 2006 terá vaga assegurada na Copa do Brasil de 2007 e o Campeão da Copa Emídio Perondi terá uma vaga na Série C do Brasileiro, que acontece no segundo semestre de 2006.