O Campeoanto Capixaba de 2006 será disputado por dez equipes, divididas em dois grupos. Vitória, Vilavelhense, Cachoeiro, Estrela do Norte e Rio Branco estão no Chave A, enquanto São Mateus, Colatina, Serra, Jaguaré, Linhares formam a Chave B.

As equipes se enfrentam dentro da própria chave. Os vencedores de cada grupo se enfrentam pelo título do primeiro turno. No segundo turno, os times da Chave A enfrentam os da Chave da B. Os melhores colocados jogam pelo título da fase.

O campeão capixaba será conhecido após o confronto entre o campeão do primeiro turno contra o campeão do segundo turno. Uma equipe será declarada campeã caso vença os dois turnos.